尿管結石を患った際に使用する薬については、いくつかの種類に分けられます。
まず、痛みを和らげるための鎮痛剤です。
尿管結石は七転八倒するくらいの強烈な痛みに襲われることがほとんどです。
そのため鎮痛剤も一般的な鎮痛剤では効かないことが多く、抗コリン作用をもつ鎮痙薬やジクロフェナクナトリウムやインドメタシンなどの非ステロイド性抗炎症薬（ＮＳＡＩＤ）の坐薬，ペンタゾシンなどの注射薬，時には麻酔薬などを投与することもあります。
次に、結石を自然に排出するための治療に使う薬があります。
しかし結石は薬を投与するだけで排出するのはむずかしいので、水分を多く摂ったり食事療法を併用したりしながら定期的に通院して治療することになります。
投与する薬としては、結石を溶解して流れやすくする作用のあるものや、結石の発育を抑える作用のあるもの、炎症を抑えるものや利尿作用のあるものなどが挙げられます。
結石の原因によっても変わり、感染症による結石の場合は，原因菌に感受性の高い抗菌薬が使用されることもあります。
慢性化している際には、体質を改善することも含めて漢方を使用することもあります。
また、結石が排出された後には、再発を防止するための薬が使われます。
結石が再びできるのを防ぐよう、酸性尿を改善するクエン酸製剤、血液中の尿酸値と尿中尿酸値を低下させるアロプリノール、尿中でシスチンが結晶として析出するのを阻害する効果があるチオプロニンなどが処方されます。
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